Rund um die Geschichte der Sorte Blaufränkisch gibt es viele Fragezeichen. So ist etwa ungeklärt, wer die Eltern sind. Vermutlich reicht der Ursprung bis ins 10. Jhdt. zurück. Kaiser Karl der Große (742-814) hat in seinem Reich zahlreiche Reformen durch-geführt. Weniger bekannt ist, dass er auch den Weinbau reformierte. Unter anderem ordnete er eine Selektion der Rebsorten an. Minderwertige, die als „hunnisch“ oder „heunisch“ bezeichnet wurden, weil sie aus östlichen Ländern mit niedriger Rebkultur stammten, ließ er aussondern. Die wertvolleren Reben wurden den fränzösischen Sorten gleichgesetzt und „fränkisch“ genannt. Blaufränkisch hat jedenfalls nichts mit Franken zu tun, wo die Sorte übrigens nicht vertreten ist. Vielmehr handelt es sich um das Ergebnis einer positiven Rebselektion von heimischen und fränkischen Rotweinsorten, die möglicherweise bereits gegen Ende des 10. Jhdts. nach Österreich kam.

Schriftliche Hinweise auf die Sorte findet man in Österreich allerdings erst ab dem frühen 18. Jhdt. Damals war noch von der „Schwarzen Fränkischen“ die Rede. Auch im Bereich der heutigen Thermenregion wird sie als wertvolle Keltersorte beschrieben (Helbling, Prag 1777). Von dort hat sie sich mit ziemlicher Sicherheit in die östlichen Gebiete der Kronländer verbreitet. In der Slowakei und in Tschechien wird sie Frankovka genannt, Kékfrankos in Ungarn, Crna Francova in Kroatien, Franconia in Italien. In Bulgarien lautet die Bezeichnung Gamé, wobei keine Verwandtschaft zur bekannten Gamay im Burgund besteht. 

Mitte des 19. Jahrhunderts wird die Sorte unter dem Namen Limberger oder Lemberger auch in Deutschland heimisch. Beide Bezeichnungen verweisen auf eine alte österreichische Abstammung. Aus Lemberg in der Untersteiermark (Slowenien) wurden 1877 Blaufränkische als Lembergerreben nach Deutschland exportiert. Der zweite Name verweist auf die kleine Ortschaft Limberg bei Maissau, wo am Ende des 19. Jahrhunderts ebenfalls „wurzelechte Limberger-Reben“ zum Verkauf angeboten wurden. Noch heute halten sich die unterschiedlichen Bezeichnungen, obwohl die „Ampelografische Commission“ bereits 1875 den Namen Blaufränkisch für diese Rebsorte fixiert hatte.